現在ftp接続での同期において、２階層以上のサブディレクトリがある場合、FTPが基準の場合基準フォルダに２階層以上のサブディレクトリが生成されてしまう問題がありました。
libcurlモードにおいてはサブディレクトリを１階層以下で使用してください。
また比較先がFTPの場合libcurlモードではサブディレクトリ作成のみを行うと失敗になります。
対応中で近く更新します。

Ver. 2.1.8.1 にて改修・修正しました。