Ver. 2.1.8.3 において片方がFTPで接続している状態で比較ツール起動するとパラメータにパスとファイル名が正しくスペース区切りでセットされるべきが余計なメッセージ文字がセットされ比較処理ができない問題がわかりました。
Ver. 2.1.8.4 で修正しています。最新版ダウンロードから取得できます